Godzilla y Kong, 2 de las fuerzas más poderosas de un planeta habitado por todo género de espantosas criaturas, se encaran en un increíble combate que sacude los cimientos de la humanidad. Kong y sus protectores emprenderán un peligroso viaje para hallar su auténtico hogar. Con ellos está Jia, una joven huérfana con la que el gigante tiene un vínculo único y poderoso.

En el camino se cruzan inopinadamente con el de un Godzilla enfurecido que va ocasionando destrucción a su paso por el planeta. El choque épico entre los 2 colosos —provocado por fuerzas invisibles— es solo el inicio del misterio que se oculta en las profundidades del núcleo de la Tierra.